增值稅扣稅憑證會因不可抗力因素、憑證被盜、郵寄丟失、納稅人未能正常履行申報義務(wù)、稅務(wù)機關(guān)的系統(tǒng)未能及時處理網(wǎng)上數(shù)據(jù)、買賣雙方未交付增值稅抵扣憑證、變更納稅地點、注銷舊賬、重新登記稅款的時間過長、辦稅人員傷亡、辦稅人員突發(fā)疾病或者擅自離職等客觀原因造成逾期的，應(yīng)根據(jù)《逾期未出具增值稅預(yù)扣稅證明管理辦法》的規(guī)定申請逾期未出具增值稅預(yù)扣稅證明。

一、增值稅扣稅憑證逾期的客觀原因

1.因自然環(huán)境災(zāi)害、社會突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期。 

2.增值稅抵扣憑證被盜、被搶，或因郵寄丟失、郵寄錯誤而逾期的。 

3.有關(guān)的司法或行政部門在處理業(yè)務(wù)或進行巡查時，扣繳增值稅預(yù)扣單、納稅人未能正常履行申報義務(wù)，或稅務(wù)機關(guān)的資訊系統(tǒng)及網(wǎng)絡(luò)未能及時處理納稅人的網(wǎng)上認(rèn)證數(shù)據(jù)，導(dǎo)致增值稅扣除單逾期。 

4.因經(jīng)濟糾紛，買賣雙方未及時交付增值稅抵扣憑證，或納稅人變更納稅地點，注銷舊賬、重新登記稅款的時間過長，導(dǎo)致增值稅抵扣憑證逾期。 

5.由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)疾病或者擅自離職，未能及時辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期。 

二、處理增值稅扣稅憑證逾期的辦法

因客觀原因逾期未出具增值稅預(yù)扣稅證明的，一般納稅人可以根據(jù)《逾期未出具增值稅預(yù)扣稅證明管理辦法》的規(guī)定申請逾期未出具增值稅預(yù)扣稅證明。